Lutter contre la contamination de manière proactive
Surveillance de Listeria: une innovation pour une chaîne alimentaire plus sûre
Listeria monocytogenes reste un défi majeur pour l'industrie alimentaire. Non seulement cette bactérie constitue un risque pour la santé publique mais en plus, elle peut entraîner des rappels coûteux et nuire à la réputation de l'entreprise. Comment l'industrie peut-elle faire face à ce problème de manière plus proactive? La recherche doctorale de Tessa Tuytschaever au VEG-i-TEC (UGent), réalisée dans une entreprise de transformation alimentaire, et la collaboration avec le centre de connaissances bio-informatiques de Howest offrent des informations précieuses et des solutions concrètes.
Principales voies de propagation
Listeria est un pathogène environnemental qui se niche facilement dans les endroits humides et difficiles d'accès des usines de transformation alimentaire. La surveillance ciblée de l'environnement, notamment par l'échantillonnage des surfaces, des équipements et même des chaussures des employés, permet de détecter la bactérie à un stade précoce. L'étude a révélé que le tapis roulant menant au tunnel de congélation et les chaussures du personnel constituaient les principales voies de propagation.
"La question était de savoir si la même souche reste présente pendant des années ou s'il y a constamment de nouvelles contaminations. L'analyse ADN nous a donné la réponse", explique Imca Sampers de VEG-i-TEC. "Nous avons découvert qu'une souche spécifique de Listeria était présente dans l'usine depuis au moins trois ans. Cela montre l'importance d'une approche ciblée contre les contaminations persistantes."
Séquençage du génome entier: une percée dans la détection
Listeria ne se cache pas seulement dans les coins morts des machines et des zones de production, mais aussi dans les biofilms. "Il s'agit de fines couches de micro-organismes qui adhèrent aux surfaces et peuvent être extrêmement résistantes au nettoyage et à la désinfection. Par conséquent, les bactéries peuvent survivre dans une usine pendant des années."
Souvent, les méthodes de détection classiques ne permettent pas d'identifier l'origine et la persistance d'une contamination. Le séquençage du génome entier (Whole Genome Sequencing - WGS) permet de déchiffrer le code génétique des souches bactériennes et de déterminer leur parenté. Les entreprises peuvent ainsi déterminer si une souche est chaque fois ré-introduite par les matières premières ou le personnel, ou si elle est présente depuis longtemps.
"Grâce à cette technologie, les entreprises peuvent établir un historique et suivre les infections de manière systématique. Cela permet une détection plus rapide des infections et une intervention plus ciblée. L'EFSA, l'autorité alimentaire européenne, invite d'ailleurs les entreprises à intégrer les techniques modernes de séquençage dans leur stratégie de sécurité alimentaire."
De la recherche à la pratique commerciale
La recherche montre que la surveillance de l'environnement et l'analyse de l'ADN ne sont plus réservées aux laboratoires universitaires. Les entreprises alimentaires elles-mêmes peuvent jouer un rôle actif dans la sécurité alimentaire en collaborant avec des instituts de recherche tels que VEG-i-TEC et Howest.
- L'interprétation des données, la clé de la prévention: de nombreuses entreprises externalisent l'échantillonnage et l'analyse, mais ne savent pas toujours comment interpréter les résultats. Les instituts de recherche aident à convertir les données en points d'action.
- Soutien axé sur la pratique: VEG-i-TEC et Howest travaillent avec les entreprises sur des cas concrets, tels que l'identification des sources de contamination et la mise en œuvre de mesures préventives.
- Surveillance stratégique: grâce à des analyses de séquence régulières, les entreprises peuvent reconnaître les tendances en matière de contaminations et intervenir de manière proactive.
Implémenter ces techniques
Les résultats montrent qu'une approche structurelle de la surveillance de Listeria est payante. Cela nécessite un investissement à la fois dans la technologie et dans les connaissances. Les entreprises peuvent
- intégrer un échantillonnage et un contrôle réguliers dans leur plan HACCP;
- former les employés à l'échantillonnage et à l'analyse corrects;
- collaborer avec des instituts de connaissances pour une analyse plus approfondie des données;
- investir dans le séquençage du génome entier pour identifier les schémas de contamination.
"La bio-informatique permet aux entreprises d'analyser des modèles qui indiquent des périodes ou des lieux à haut risque dans l'environnement de production. Cela permet de prendre des mesures préventives et d'éviter les incidents", explique Paco Hulpiau de Howest.
L'impact plus large du séquençage
Outre la transformation des fruits et légumes, le séquençage est de plus en plus utilisé dans d'autres secteurs tels que la transformation des produits laitiers et de la viande. "Cela permet de détecter non seulement la bactérie Listeria mais aussi d'autres agents pathogènes et bactéries d'altération."
En outre, le séquençage offre des avantages dans les domaines suivants
- le contrôle de la résistance: les entreprises peuvent déterminer quelles bactéries sont présentes et si elles sont porteuses de gènes de résistance;
- traçabilité: grâce à une empreinte génétique, l'origine exacte d'une contamination peut être rapidement déterminée. Cela permet d'accélérer la résolution des problèmes et de réduire le gaspillage alimentaire.
Collaborer avec les instituts de recherche: une démarche stratégique
Bien que certaines entreprises alimentaires soient encore réticentes à mettre en œuvre des techniques ADN avancées, la collaboration avec des instituts de connaissances offre une occasion précieuse d'améliorer la sécurité alimentaire de manière structurelle. "La technologie existe, mais les entreprises doivent être conscientes de sa valeur. Notre objectif est de rendre les connaissances accessibles et de permettre aux entreprises de lutter de manière proactive contre la bactérie Listeria."
De nombreuses entreprises alimentaires hésitent encore à implémenter des techniques ADN avancées mais la collaboration avec des instituts de connaissances peut constituer une étape cruciale. Les universités et les hautes écoles ne se contentent pas d'apporter leur expertise, elles aident aussi les entreprises à transformer les résultats de laboratoire en plans d'action concrets. "L'avenir de la sécurité alimentaire réside dans des stratégies intelligentes, fondées sur la science", conclut Imca.
